漕运博物馆坐落于淮安市淮安区漕运广场内漕运总督署遗址附近。作为“运河之都”的淮安，为展示漕运文化而筹建中国漕运博物馆。淮安漕运总督署遗址是2002年中国重大考古发现之一，漕运博物馆建与漕运总督署遗址相整合，向世人完整地展现漕运古迹和历史。

漕运博物馆于2008年开工建设，总建筑面积6300平方米，分地面主体两层。地面建筑采取我国明清时期建筑风格，总体为“品”字形布局，东侧建筑为临时展厅，西侧为多功能报告厅，中间是门厅及服务空间。地下局部一层，面积5000多平方米，有三个展厅和办公配套用房及文物库房。